Kort efter att en grupp mouserrobotar förstör sköldpaddornas gamla hem, börjar de även anfalla deras nya hem. Michelangelo går sill slut Raphael på nerverna, och Raphael lämnar de andra sköldpaddorna och söker sig upp till markytan. På markytan stöter han på Purple Dragons, Casey Jones, och Dragonface. Baxter Stockman skickar snart sina Foot tech-ninjas för att ta Raphael till fånga, och Donatello måste rädda honom. Därefter stöter de på genetiska mutanter.