1999–2000 NBA sezonu profesyonel basketbol ligi NBA'in 54. sezonudur. Sezon sonunda Los Angeles Lakers takımı, Indiana Pacers'ı 2000 NBA Finalleri'nde 4-2 ile geçerek NBA şampiyonluğunu kazanmıştır.
Los Angeles Lakers ve Los Angeles Clippers takımları beraber Staples Center'daki ilk sezonlarını geçirdiler. Lakers 4 Şubat ve 13 Kasım 2000 tarihleri arasında 19 maçlık galibiyet serisi ile NBA tarihindeki en uzun dördüncü seriye ulaşmıştır.
Batı Konferansı Finali 7. maçında, Portland Trail Blazers son 10:28 süre kala Los Angeles Lakers'a 15 sayı önde girdi. Dördüncü çeyrekte, Blazers 13 atış üst üste kaçırdı ve Lakers geriden gelip maçı 89-84 kazandı.
4 ay içinde iki oyuncu trafik kazasından öldü. 12 Ocak günü, Charlotte Hornets takımından Bobby Phills takım arkadaşı David Wesley ile yarışırken kaza yaparak öldü. 20 Mayıs'ta ise, Minnesota Timberwolves takımı oyuncusu Malik Sealy takım arkadaşı Kevin Garnett'in doğum gününden dönerken sarhoş bir araç sahibinin kendisine çarpması sonucu öldü.
Bu sezonda takvim, bir önceki sezonun 50 maç oynanması ve 25 Haziran 1999'da geç bir tarihte tamamlanmasının ardından normal lig akışına döndü.
Ligin bu sezondaki en iyi ve en kötü performanslarını Los Angeles takımları sergiledi: Lakers'ın galibiyet oranı 67-15 iken Clippers'ın oranı 15-67'dir.