Незабаром після оголошення війни більшість змагань були скасовані, оскільки увага країни була звернена до військових дій. Більш ніж 780 гравців пішли воювати, і в результаті більшість найкращих команд Англії були виснажені — наприклад, з «Ліверпуля» пішли на війну 76 гравців, з «Вулвергемптона» — 91, а «Гаддерсфілд Таун», «Лестер Сіті» і «Чарльтон Атлетик» покинули понад 60 гравців. Воєнний кубок Футбольної ліги було проведено в період між 1939 і 1945 роком, метою якого було заповнення вільного ігрового часу під час війни.
У травні 1945 року Німеччина капітулювала після самогубства Адольфа Гітлера. 1945 року Воєнний кубок Футбольної ліги був скасований і відновлений Кубок Англії з новою структурою проведення турніру: були введені домашні та матчі-відповіді, додатковий час і пенальті, а також перегравання.