Проте рішення синоду в життя не були втілені. За наказом імператора 15 червня653 року папу Мартина I та Максима Сповідника було схоплено та вивезено з Риму. Спочатку Мартин I утримувався на острові Наксос, а пізніше був доставлений до Константинополя. Після нелюдського поводження та приниження 25 березня655 року його вислали до Херсонеса у Криму, де папа й помер.
Канонізація
Канонізований після смерті як Мученик. День Пам'яті у Католицькій Церкві — 13 квітня.