PUF60

PUF60
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	2DNY, 2KXF, 2KXH, 2QFJ, 3DXB, 3UE2, 3US5, 3UWT
Ідентифікатори
Символи	PUF60, FIR, RoBPI, SIAHBP1, VRJS, poly(U) binding splicing factor 60KDa, poly(U) binding splicing factor 60
Зовнішні ІД	OMIM: 604819 MGI: 1915209 HomoloGene: 8614 GeneCards: PUF60
Пов'язані генетичні захворювання
	syndromic intellectual disability, Verheij syndrome
Онтологія гена
Молекулярна функція	• nucleic acid binding; • DNA binding; • GO:0001948, GO:0016582 protein binding; • identical protein binding; • RNA binding; • cadherin binding;
Клітинна компонента	• міжклітинні контакти; • cyclin-dependent protein kinase activating kinase holoenzyme complex; • клітинне ядро; • нуклеоплазма;
Біологічний процес	• mRNA processing; • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated; • transcription, DNA-templated; • Сплайсинг РНК; • GO:0097285 апоптоз; • mRNA splicing, via spliceosome;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	; ;
	Більше даних
Ортологи
	22827
	67959
	ENSG00000179950; ENSG00000274081
	ENSMUSG00000002524
	Q9UHX1
	Q3UEB3
NM_001136033; NM_001271096; NM_001271097; NM_001271098; NM_001271099;
	NM_001271100; NM_014281; NM_078480; NM_001362895; NM_001362896; NM_001362897
NM_001164600; NM_028364; NM_133691; NM_001356629; NM_001378984;
	NM_001378985; NM_001378986
NP_001129505; NP_001258025; NP_001258026; NP_001258027; NP_001258028;
	NP_001258029; NP_055096; NP_510965; NP_001349824; NP_001349825; NP_001349826
NP_001158072; NP_082640; NP_598452; NP_001343558; NP_001365913;
	NP_001365914; NP_001365915; NP_001389972; NP_001389973; NP_001389974; NP_001389975
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

PUF60 (англ. Poly(U) binding splicing factor 60) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 8-ї хромосоми.^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 559 амінокислот, а молекулярна маса — 59 875^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MATATIALQV	NGQQGGGSEP	AAAAAVVAAG	DKWKPPQGTD	SIKMENGQST
AAKLGLPPLT	PEQQEALQKA	KKYAMEQSIK	SVLVKQTIAH	QQQQLTNLQM
AAVTMGFGDP	LSPLQSMAAQ	RQRALAIMCR	VYVGSIYYEL	GEDTIRQAFA
PFGPIKSIDM	SWDSVTMKHK	GFAFVEYEVP	EAAQLALEQM	NSVMLGGRNI
KVGRPSNIGQ	AQPIIDQLAE	EARAFNRIYV	ASVHQDLSDD	DIKSVFEAFG
KIKSCTLARD	PTTGKHKGYG	FIEYEKAQSS	QDAVSSMNLF	DLGGQYLRVG
KAVTPPMPLL	TPATPGGLPP	AAAVAAAAAT	AKITAQEAVA	GAAVLGTLGT
PGLVSPALTL	AQPLGTLPQA	VMAAQAPGVI	TGVTPARPPI	PVTIPSVGVV
NPILASPPTL	GLLEPKKEKE	EEELFPESER	PEMLSEQEHM	SISGSSARHM
VMQKLLRKQE	STVMVLRNMV	DPKDIDDDLE	GEVTEECGKF	GAVNRVIIYQ
EKQGEEEDAE	IIVKIFVEFS	IASETHKAIQ	ALNGRWFAGR	KVVAEVYDQE
RFDNSDLSA

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, рибонуклеопротеїнів, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як апоптоз, процесинг мРНК, сплайсинг мРНК, транскрипція, регуляція транскрипції, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з ДНК, РНК. Локалізований у ядрі.

Література

Bouffard P., Barbar E., Briere F., Boire G. (2000). Interaction cloning and characterization of RoBPI, a novel protein binding to human Ro ribonucleoproteins. RNA. 6: 66—78. PMID 10668799 doi:10.1017/S1355838200990277
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
Page-McCaw P.S., Amonlirdviman K., Sharp P.A. (1999). PUF60: a novel U2AF65-related splicing activity. RNA. 5: 1548—1560. PMID 10606266 doi:10.1017/S1355838299991938
Beausoleil S.A., Villen J., Gerber S.A., Rush J., Gygi S.P. (2006). A probability-based approach for high-throughput protein phosphorylation analysis and site localization. Nat. Biotechnol. 24: 1285—1292. PMID 16964243 doi:10.1038/nbt1240
Hastings M.L., Allemand E., Duelli D.M., Myers M.P., Krainer A.R. (2007). Control of pre-mRNA splicing by the general splicing factors PUF60 and U2AF. PLoS ONE. 2: E538—E538. PMID 17579712 doi:10.1371/journal.pone.0000538