1246年,教宗諾森四世(原名Jaime I the Conqueror)提出estudis generals(拉丁文),並經華倫西亞的教宗諭令(papal bull)授權。1499年4月30日,華倫西亞地方法官通過大學法令,這可視為「創校」之始。1501年,教宗亞歷山大六世簽署批准議案。一年後,天主教徒斐迪南二世頒佈王室委托特許權(Royal Mandatory Concession)。
辦學的實際行動,有賴St. Vincent Ferrer和Mosen Pedro Vilaragut的努力,後者捐款興建了一座大樓。但由於帳目不多,大學的經營舉步維艱。創校之初,課程有拉丁語、希臘語、希伯來語、阿拉伯語、哲學、數學,乃至物理、神學、教會法及醫學。
17世紀,華倫西亞大學分裂為支持和反對托馬斯神學(即哲學學說)兩派。整個華倫西亞王國議論紛紛,黨派情緒白熱化。校內一間館藏27,000冊的圖書館,亦在Suchet將軍的命令下被毀。在芸芸名教授當中,D. Francisco Peréz Bayer博學多識,在西班牙卡洛斯三世統治時期影響深遠。就在大學附近,數間為貧果學生而設的學院相繼成立。首間由St. Thomas of Villanova於1561年創辦,其後Doña Angela Alonsar和Mosen Pedro Martín亦參與建校。最有名的一所是Corpus Christi學校,由Blessed Juan de Ribera倡議。Philip II創立San Jorge,而最後一所──Melchor de Villena建於1643年。