Bobic spillede desuden 37 kampe og scorede ti mål for Tysklands landshold.[3] Han var efter samme år at være blevet Bundesliga-topscorer en del af den tyske trup til EM i 1996 i England, hvor holdet blev europamestre. Han kom på banen i tre af tyskernes seks kampe i turneringen, de indledende gruppekampe mod Tjekkiet og Italien samt kvarfinaleopgøret mod Kroatien. Han blev også udtaget til EM i 2004 i Portugal, hvor han spillede de to indledende gruppekampe mod henholdsvis Holland og Letland.
