El club fue fundado en 1932 con el nombre Hask. Durante su historia, también se conoció al club como Rudar, Industrijalec, y Jugokokta. El club recibió su nombre actual en la temporada 1989/90, para homenajear a Gjorche Petrov, considerado una figura importante del movimiento macedonio nacional en la República de Macedonia.
El Makedonija entró directamente a la Makedonska Prva Liga cuando ésta fue fundada en 1992. Descendieron en la temporada 2001/02, pero volvieron a la Primera División en 2005/06, consiguiendo acabar en segundo lugar. Esa misma temporada lograron su primer título oficial, la Copa de Macedonia. En consecuencia, el equipo jugó las eliminatorias de la Copa de la UEFA 2006-07, donde perdieron contra el equipo búlgaro del Lokomotiv de Sofía por 3 a 1 en la eliminatoria global.
Ljupco Matevski
Muharem Bajrami
Olimpija Ljubljana
SC Bastia
Lokomotiv Sofia
Ethnikos Achnas
BATE Borisov
Alashkert
RFS
Filip Ivanovski
Georges Ambourouet
Datos: Q402922