Makoto Kobayashi (jap.小林 誠, Kobayashi Makoto, s. 7. huhtikuuta1944) on japanilainen fyysikko, joka on tunnettu hiukkastenCP- eli symmetriarikkoa käsittelevistä töistään. Hänen ja Toshihide Maskawan vuonna 1973 julkaistu tutkimus ”CP violation in the renormalizable theory of weak interaction” eli ”CP-rikko heikon vuorovaikutuksen renormalisoituvassa teoriassa” oli vuonna 2007 kolmanneksi viitatuin hiukkasfysiikan alan julkaisu kaikkina aikoina.[1]
Kobayashi palkittiin yhdessä Toshihide Maskawan kanssa Nobelin fysiikanpalkinnolla vuonna 2008. He saivat palkinnon teoriastaan, joka selitti symmetriarikon alkuperän ja ennusti ainakin kolmen eri kvarkkiperheen olemassaolon luonnossa. Samana vuonna palkittiin myös Yōichirō Nambu, joka oli löytänyt spontaanin symmetriarikon mekanismin.[2]