Malta debuterte i Junior Eurovision Song Contest i 2003 i København, Danmark, med songen «Like A Star», framført på engelsk av Sarah Harrison. Landet har delteke elleve gongar; i perioden 2003 til 2010 og frå 2013, etter at Malta i 2011 valde å ta ein pause frå tevlinga. Bidraga vert valde gjennom ei nasjonal finale, arrangerte av den maltesiske kringkastaren Public Broadcasting Services Limited. I 2013 og 2014 vart bidraga valde internt av den maltesiske kringkastaren.
Malta har vunne Junior Eurovision Song Contest to gongar. Fyrste gongen dei vann var i 2013, med songen «The Start», framført på engelsk av Gaia Cauchi. To år seinare, i 2015, vann dei med songen «Not My Soul», framført på engelsk av Destiny Chukunyere. Ho fekk den høgaste poengsummen i historia til tevlinga, med 185 poeng.
Malta har arrangert tevlinga to gongar. Fyrste gongen var i 2014 og vart arrangert i Malta Shipbuilding i Marsa. 16 land deltok det året. I 2016 vart tevlinga arrangert i Mediterranean Conference Centre i Valletta. 17 land deltok det året.