Maksimilijan je došao na vlast poslije smrti oca Ferdinanda I. u doba vjerskih sukoba između katolika i protestanata i najveće turske opasnosti za Hrvatsku i Ugarsku. Iako je naginjao protestantizmu ostao je iz političkih razloga vjeran katolicizmu. Smatrao je da vladar treba biti iznad svih konfesija. Stoga je nastojao da se katolici i protestanti sporazume, ali bez uspjeha, tako da mu nije preostalo ništa drugo nego da tolerancijom ublažava i smiruje njihove razlike i sukobe. 1571. priznao je protestantskom plemstvu u Austriji pravo na slobodu vjeroispovijesti, no ne i gradovima, gdje se na taj način protureformacija koju je bio započeo njegov otac mogla učvrstiti.
Vladanje u Ugarskoj i Hrvatskoj
1564. provalio je iz Erdelja u habsburški dio Ugarske Ivan Sigismund sin Ivana Zapolje, ali se zbog poplava morao povući. Nastavio je rat protiv bečkog dvora sve do svoje smrti 1570. kada je potpisao kapitulaciju i priznao Maksimilijanu titulu hrvatsko-ugarskog kralja. Nakon Maksimilijanove pobede duhovno slomljeni Ivan Sigismund je gotovo odmah umro u 30 godini života. Nakon njegove smrti za erdeljskoga vojvodu izabran je Stjepan Bathory koji 15.12.1575. izmanipulirao poljske plemiće da bude izabran u drugom glasovanju za kralja Poljsko-Litvanske unije nakon što su Litvanci napustili zasjedanje nakon što je bio izglasan Maksimilijan za kralja 12.12.1575.. Taj događaj je naravno doveo do pojačanih vojnih aktivnosti između Maksimilijana i svog politički spretnog neprijatelja koji se okrenuo za pomoć Turcima. Maksimilijanova smrt 1576. godine će samo značiti da će njegov nasljednik nasljediti ovaj rat.
U vrijeme Maksimilijanove vladavine dogodila su se dva značajna događaja hrvatske ranonovovjekovne povijesti; junačka obrana Sigeta Nikole Šubića Zrinskog 1566. i seljačka buna u sjeverozapadnoj Hrvatskoj pod vodstvom Matije Gubeca 1572.-1573., koja je okrutno ugušena.
Smrt
Maksimilijan je umro 1576. godine. Naslijedio ga je sin Rudolf. Na samrti su ga obitelj i papinski legat nagovarali da primi sakramente tj. da se ispovijedi i pričesti. Ali Maksimilijan bi ih odbijao riječima "Moj je propovijednik u nebu", iako se izjasnio da vjeruje u nauk Katoličke Crkve.
Značaj
Maksimilijan je bio razborit i bistar čovjek i obrazovaniji od svoga oca. No ipak nije bio podoban za vladara u ono burno vrijeme. On nije mogao nikada jasno i odlučno odrediti ciljeve koje bi slijedio niti odabrati sredstva da ih ostvari. Neprestano se kolebao pa ga je stoga malo tko volio. U Njemačkoj ga nisu voljeli ni katolici i protestanti; u Ugarskoj su gotovo zazirali od njega. Hrvatsko bi Kraljevstvo za njegova vladanja gotovo posve osvojili Turci. Maksimilijan je naime vodio posve defenzivnu i mlaku politiku prema Turcima. Tako 1566. nije na sve njegove molbe htio Nikoli Šubiću Zrinjskom poslati nikakvu pomoć u Sigetu.
Potomstvo
Maksimilijan se 1548. vjenčao s Marijom od Španjolske, kćerkom Karla V. i imao s njom sedmero djece:
Ana (1549.-1580.) - supruga španjolskog kralja Filipa II.
Filip II. Španjolski* •Maksimilijan II.• Ferdinand II. • nadvojvoda Ferdinand* • nadvojvoda Ivan* • nadvojvoda Ivan • nadvojvoda Ferdinand* • Karlo II.
6. generacija
Karlo, princ Asturije* • nadvojvoda Ferdinand •Rudolf V.• nadvojvoda Ernest •Matija• Maksimilijan III. • Albert VII. • nadvojvoda Wenzel • nadvojvoda Fridrik • nadvojvoda Karlo • Ferdinand, princ Asturije* • nadvojvoda Ferdinand • nadvojvoda Karlo Lovro* • Diego, princ Asturije* •Filip III. Španjolski* •Ferdinand III.• nadvojvoda Karlo • nadvojvoda Maksimilijan Ernest • Leopold V. • nadvojvoda Karlo
7. generacija
nadvojvoda Karlo •Filip IV. Španjolski* • nadvojvoda Filip • nadvojvoda Ivan-Karlo • nadvojvoda Albert • nadvojvoda Karlo* • Ferdinand IV. • nadvojvoda Ferdinand* • nadvojvoda Alfonso Mauricio • Leopold Vilim • Ferdinand Karlo • Žigmund Franjo
8. generacija
Baltazar Karlo, princ Asturije* • Ferdinand IV. Ugarski • nadvojvoda Franjo Ferdinand* • nadvojvoda Filip August • nadvojvoda Maksimilijan Toma •Leopold VI.• nadvojvoda Karlo Josip • nadvojvoda Ferdinand Josip Alojzije • Filip Prosper, princ Asturije* • nadvojvoda Ferdinand Toma* • Karlo II. Španjolski*
9. generacija
nadvojvoda Ferdinand Wenzel • nadvojvoda Ivan Leopold • Josip I. • nadvojvoda Leopold Josip •Karlo III.
10. generacija
nadvojvoda Leopold Josip • nadvojvoda Leopold Ivan
11. generacija
Josip II.** • nadvojvoda Karlo Ludovik** •Leopold VII.** • nadvojvoda Ferdinand** • Maksimilijan Franjo, nadbiskup-elektor Kölna**
12. generacija
car Franjo I.** • Ferdinand III., veliki vojvoda Toskane** • Karlo, vojvoda Tešina** • Aleksandar Leopold, palatin Ugarske** • Josip, palatin Ugarske** • nadvojvoda Antun Viktor** • nadvojvoda Ivan** • nadvojvoda Rainier Josip** • nadvojvoda Ludovik** • kardinal-nadvojvoda Rudolf** • nadvojvoda Josip Franjo*** • Franjo IV., vojvoda Modene*** • nadvojvoda Ferdinand Karlo Josip*** • nadvojvoda Maksimilijan*** • Karlo, primas Ugarske***
13. generacija
car Ferdinand I.• Franjo Leopold, veliki princ Toskane** • Leopold II., veliki princ Toskane** • nadvojvoda Josip Franjo • nadvojvoda Franjo Karlo • nadvojvoda Ivan Nepomuk • Albert, vojvoda Tešina • Stjepan, palatin Ugarske • nadvojvoda Karlo Ferdinand • Franjo V., vojvoda Modene*** • nadvojvoda Fridrik Ferdinand • nadvojvoda Ferdinand Karlo Viktor*** • nadvojvoda Rudolf • nadvojvoda Leopold Ludovik • nadvojvoda Ernest Karlo • nadvojvoda Aleksandar • nadvojvoda Žigmund Leopold • nadvojvoda Rainer Ferdinand • nadvojvoda Vilim Franjo • nadvojvoda Henrik Antun • nadvojvoda Maksimilijan Karlo • nadvojvoda Josip Karlo
14. generacija
car Franjo Josip I.•Maksimilijan I. Meksički• nadvojvoda Karlo Ludovik • nadvojvoda Ludovik Viktor • Ferdinand IV., veliki vojvoda Toskane** • nadvojvoda Karlo Salvator** • nadvojvoda Rainier** • nadvojvoda Ludovik Salvator** • nadvojvoda Ivan Salvator** • nadvojvoda Karlo • nadvojvoda Franjo Josip • Fridrik, vojvoda Tešina •nadvojvoda Karlo Stjepan• nadvojvoda Eugen • nadvojvoda Josip August • nadvojvoda Ladislav
15. generacija
krunski princ Rudolf•nadvojvoda Franjo Ferdinand*** • nadvojvoda Oton Franjo • nadvojvoda Ferdinand Karlo • nadvojvoda Leopold Ferdinand** • nadvojvoda Josip Ferdinand** • nadvojvoda Petar Ferdinand** • nadvojvoda Henrik Ferdinand** • nadvojvoda Robert Ferdinand** • nadvojvoda Leopold Salvator** • nadvojvoda Franjo Salvator** • nadvojvoda Albert Salvator** • nadvojvoda Rainier Salvator** • nadvojvoda Ferdinand Salvator** • Albert Franjo, vojvoda Tešina •nadvojvoda Karlo Albert•nadvojvoda Lav Karlo•nadvojvoda Vilim• nadvojvoda Josip Franjo • nadvojvoda Ladislav Josip • nadvojvoda Matija
16. generacija
car Karlo I.• nadvojvoda Maksimilijan Eugen • nadvojvoda Gottfried** • nadvojvoda Juraj** • nadvojvoda Rainier** • nadvojvoda Leopold Marija** • nadvojvoda Antun** • nadvojvoda Franjo Josip** • nadvojvoda Karlo Pio** • nadvojvoda Franjo Karlo** • nadvojvoda Hubert Salvator** • nadvojvoda Teodor Salvator** • nadvojvoda Klement Salvator** • nadvojvoda Josip Arpád • nadvojvoda Stjepan • nadvojvoda Géza • nadvojvoda Mihovil Koloman
17. generacija
krunski princ Oton• nadvojvoda Robert*** • nadvojvoda Feliks • nadvojvoda Karlo Ludovik • nadvojvoda Rudolf • nadvojvoda Ferdinand Karlo • nadvojvoda Henrik Marija • nadvojvoda Leopold Franjo** • nadvojvoda Guntram** • nadvojvoda Radbot** • nadvojvoda Ivan** • nadvojvoda Juraj** • nadvojvoda Stjepan** • nadvojvoda Dominik** • nadvojvoda Fridrik Salvator** • nadvojvoda Andrija Salvator** • nadvojvoda Marko** • nadvojvoda Ivan** • nadvojvoda Mihovil** • nadvojvoda Franjo Salvator** • nadvojvoda Karlo Salvator** • nadvojvoda Josip Karlo • nadvojvoda Andrija Augustin • nadvojvoda Nikola Franjo • nadvojvoda Ivan Jakob • nadvojvoda Edvard Karlo • nadvojvoda Pavao Rudolf
18. generacija
nadvojvoda Karlo• nadvojvoda Juraj • nadvojvoda Lovro*** • nadvojvoda Gerhard*** • nadvojvoda Martin*** • nadvojvoda Karlo Filip • nadvojvoda Rajmund Josip • nadvojvoda Stjepan • nadvojvoda Rudolf • nadvojvoda Karlo Kristijan • nadvojvoda Karlo Petar • nadvojvoda Simeon • nadvojvoda Ivan • nadvojvoda Maksimilijan Henrik • nadvojvoda Filip Joakim • nadvojvoda Ferdinand Karlo • nadvojvoda Konrad • nadvojvoda Žigmund** • nadvojvoda Juraj** • nadvojvoda Guntram** • nadvojvoda Leopold** • nadvojvoda Aleksandar Salvator** • nadvojvoda Tadej Salvator** • nadvojvoda Kazimir Salvator** • nadvojvoda Matija** • nadvojvoda Ivan** • nadvojvoda Bernhard** • nadvojvoda Benedikt • nadvojvoda Josip Albert • nadvojvoda Pavao Lav • nadvojvoda Fridrik Ciprijan • nadvojvoda Benedikt Aleksandar • nadvojvoda Nikola • nadvojvoda Santiago • nadvojvoda Pavao Benedikt
19. generacija
nadvojvoda Ferdinand Zvonimir • nadvojvoda Karlo Konstantin • nadvojvoda Amadeo*** • nadvojvoda Joakim*** • nadvojvoda Bartolomej*** • nadvojvoda Emanuel*** • nadvojvoda Lujo*** • nadvojvoda Feliks Karlo • nadvojvoda Andrija Franjo • nadvojvoda Pavao Ivan • nadvojvoda Karlo Kristijan • nadvojvoda Ivan • nadvojvoda Toma • nadvojvoda Franjo Ludovik • nadvojvoda Mihovil • nadvojvoda Josip • nadvojvoda Emerik • nadvojvoda Emerik • nadvojvoda Kristof • nadvojvoda Aleksandar • nadvojvoda Lovro Karlo • nadvojvoda Vilim • nadvojvoda Ivan • nadvojvoda Ludovik • nadvojvoda Filip • nadvojvoda Nikola • nadvojvoda Konstantin • nadvojvoda Jakob Maksimilijan • nadvojvoda Leopold Amadeo** • nadvojvoda Maksimilijan** • nadvojvoda Leopold** • nadvojvoda Konstantin Salvator** • nadvojvoda Pavao Salvator**