Federico Mordegan war vor allem im Doppel aktiv. Auf der ATP Challenger Tour errang er in seiner Karriere sechs Turniersiege, auf der ATP World Tour gewann er 1994 an der Seite von Cristian Brandi den Titel in Estoril. Darüber hinaus stand er auf der World Tour in fünf weiteren Endspielen: 1990 mit Cristiano Caratti in Genua, 1992 in San Marino und 1994 in Casablanca sowie Athen mit Cristian Brandi und 1995 nochmals in San Marino mit Pablo Albano. Die besten Notierungen in der ATP-Weltrangliste erreichte er im Einzel 1990 mit Position 243 sowie im Doppel 1995 mit Position 70.