L'E3 Prijs Harelbeke 1986, ventinovesima edizione della corsa, si svolse il 22 marzo su un percorso di 225 km, con partenza ed arrivo a Harelbeke. Fu vinta dal belga Eric Vanderaerden della squadra Panasonic davanti agli olandesi Frits Pirard e Jos Lammertink.